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Au début du XIXème siècle, le manoir resta la propriété des Isnel de Comble (orthographié à l’époque sans le "s" final) mais perdit sa fonction d’habitation de plaisance pour être affecté comme maison de ferme louée à des fermiers.
Après la mort des deux dernières descendantes des Isnel de Comble, Pierre Auguste de la Barre de Nanteuil, l’un de leurs co-héritiers, deviendra propriétaire du manoir en 1847. Habitant à Paris, il n’occupa jamais la propriété.
Suite à la situation économique difficile résultant d'une part du traité économique franco-anglais qui anéantit le tissage artisanal et d'autre part la guerre de 1870, les héritiers de la famille de la Barre de Nanteuil scindèrent et vendirent l'exploitation initiale de 45 Ha en 2 fois : la première partie étant vendue dès 1877 à Messieurs Lebrument et Lepicard, et la seconde en juillet 1879, avec le manoir et les terres attenantes à Monsieur Amable Hippolyte Eliot, propriétaire à Yvetot. C'est cette seconde partie qui constitue aujourd'hui le manoir tel qu'il est connu actuellement.
Pendant la Seconde Guerre mondiale le manoir fut occupé par deux soldats allemands.
La première bombe lors du bombardement d'Yvetot est tombée dans le verger du Manoir du Fay.
Ensuite, par le jeu des successions, le manoir connut différents propriétaires, jusqu’à ce que la propriété revienne en 1987 à Madame de Barbe de la Barthe Saint Loubert, épouse de Maître Jean Cornet, notaire à Neuilly sur Seine. C’est elle qui vendit le manoir à la ville d’Yvetot le 27 janvier 1989.
Localisé jadis sur la paroisse de Sainte-Marie-des-Champs qui faisait partie de la Principauté d’Yvetot, le manoir fut définitivement rattaché à Yvetot en 1811, à la suite d’une redéfinition des frontières entre Ste Marie et Yvetot.